掩膜版的预对准系统包括两个发光二极管及其对应的光探测器。在掩膜上固定的位置设计有预对准标识，发光二极管在掩膜的预对准标识上方照明，光线透过对准标识，被探测器接收，从而完成掩膜的预对准。只有当探测器和对准标识正对时，四个区域的信号才一样。通过对两个探测器信号的对比，就可以计算出掩膜版X方向的修正量、Y方向的修正量和旋转修正量。机械手根据修正量调整掩膜版的位置，完成预对准。这种预对准系统一般可以达到±2um左右的对准精度。